企业发行短期融资券应根据《银行间债券市场非金融企业债务融资工具注册规则》在（）注册。

A.中国银监会

B.中国银行间市场交易商协会

C.中国人民银行

D.商务部

正确答案：B

答案解析：银行间市场交易商协会是银行间债券市场的自律组织，负责对非金融企业债务融资工具的注册、发行等进行管理和监督。企业发行短期融资券是在银行间债券市场进行的融资活动，因此需要按照协会的相关规则进行注册。选项A中国银监会主要负责银行业的监管；选项C中国人民银行负责制定和执行货币政策；选项D商务部负责国内贸易和对外贸易的管理。均与企业发行短期融资券的注册管理无关。故答案选B。