根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国证券法》的规定，以超过票面金额的价格发行股票所得的溢价款项列入发行公司的（）。

A.资本公积

B.净资产

C.应付款项

D.留存收益

正确答案：A

答案解析：根据《中华人民共和国公司法》第一百六十七条规定，股份有限公司以超过股票票面金额的发行价格发行股份所得的溢价款以及国务院财政部门规定列入资本公积金的其他收入，应当列为公司资本公积金。资本公积是指企业在经营过程中由于接受捐赠、股本溢价以及法定财产重估增值等原因所形成的公积金。资本公积是与企业收益无关而与资本相关的贷项。因此，以超过票面金额的价格发行股票所得的溢价款项列入发行公司的资本公积，正确答案为A。