欧洲专利局的机构设置分为（）层次，即局、总部、部、处和科。该局设有局长1人，副局长5人。全局共设置5个总部一级的机构，每一位副局长兼任一个总部的第一把手。其中，第一总部设在（），负责检索和文献工作。其余的4个总部均设在慕尼黑，其中，第二总部负责全局的行政管理，第五总部负责法律及国际事务。另外，欧洲专利局还在奥地利维也纳设有专利信息中心；在柏林设有分支机构，承担一部分管理，检索及文献工作。

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